ESTDEV-i nõukogu on viieliikmeline, kelle asutaja määrab ametisse neljaks aastaks. Nõukogu kavandab sihtasutuse arengut, korraldab juhtimist ja teeb järelvalvet sihtasutuse tegevuse üle.
Jonatan Vseviov (Nõukogu esimees)
Kantsler, välisministeerium
Merike Saks
Kantsler, rahandusministeerium
Mariin Ratnik
Asekantsler, välismajanduspoliitika ja arengukoostöö küsimustes, välisministeerium
Kairi Saar-Isop
Peadirektor, arengukoostöö ja humanitaarabi osakond, välisministeerium
Mari-Helene Kaber
Infojuht, Humana Estonia